2021年5月，市编制部门正式下文批复同意在新整合组建的菏泽市博物馆内设机构中增设学术科研部，具体职责为：（一）承担单位学术研究发展规划、调研报告、规章制度和工作计划组织实施工作。（二）承担图书、期刊策划编辑工作。学术科研部的成立，结束了菏泽市博物馆原来学术科研工作的无序状态，为今后菏泽市博物馆学术科研工作的高质量开展奠定了坚实的组织保障。